Vzdrževanje opreme za čiščenje vode neposredno vpliva na njen učinek čiščenja in življenjsko dobo, kar zahteva vzpostavitev standardiziranih postopkov delovanja in pregledov. Redno vzdrževanje vključuje opazovanje delovnega statusa opreme, preverjanje vstopnega in izstopnega tlaka vode ter beleženje pretoka vode izdelka in vrednosti TDS. Ti osnovni podatki pomagajo takoj zaznati nenormalne trende, kot je zmanjšanje pretoka vode v proizvodu ali povečanje prevodnosti, kar lahko kaže na zamašitev filtra ali umazanijo membrane.
Zamenjava filtra je glavna naloga vzdrževanja. PP bombažne filtre običajno zamenjamo vsakih 3–6 mesecev, filtre z aktivnim ogljem pa vsakih 6–12 mesecev, pri čemer je določen interval odvisen od kakovosti surove vode in porabe vode. Membrane za ultrafiltracijo ali reverzno osmozo imajo običajno življenjsko dobo 2–3 leta, vendar na to močno vpliva kakovost vode. Priporočljivo je vzpostaviti mehanizem opomnikov za zamenjavo, da se izognete dolgotrajni uporabi, ki vodi do sekundarne kontaminacije ali zmanjšane učinkovitosti sistema.
Nujno je tudi redno čiščenje in razkuževanje. Po dolgotrajnem-delovanju se lahko bakterije enostavno razrastejo na površini filtra in notranjih stenah cevi ter tvorijo biofilm. Za obtočno čiščenje so potrebna posebna čistila. Pri RO sistemih je priporočljivo kemično čiščenje vsakih 6 mesecev, da se ponovno vzpostavi pretok membrane. Ultravijolične žarnice je treba zamenjati vsaki 1–2 leti, da zagotovite vsaj 80-odstotno učinkovitost sterilizacije.
Poleg tega je treba redno preverjati električne povezave, delovanje črpalke in ventila ter tesnjenje, da preprečite puščanje ali električne okvare. Pri opremi z rezervoarjem za vodo je treba rezervoar redno prazniti in čistiti, da preprečite razmnoževanje mikroorganizmov v stoječi vodi. Priporočljivo je, da strokovnjak vsako leto izvede obsežen preskus delovanja, vključno s kakovostjo vode izdelka, stopnjo obnovitve pretoka in tesnjenjem sistema.
